2138年，蓝星受到前所未有的危机，无数硅基生物——硅晶兽出现，人类的引以为豪的现代武器对硅晶兽的伤害微乎其微。 在人类存亡关头，一群身穿机甲的少女——“战姬”出现了，她们拥有消灭这些怪物的能力，使人类在硅晶兽的猛烈攻势下，得到喘息的机会。 末世降临的二十七年后，江宗泽成为了世界上第二个男性指挥官，他拥有了带领战姬讨伐硅晶兽的资格。