第二舰队和郑成功的水师已经进入长江南京段江面。首先第二舰队和郑成功的水师在江面上架起浮桥，一千学员和六万加强版义勇军渡过长江，抵达江北的浦口。六万大军进入浦口以后，编组成五个军，番号为独立第一至独立第五军。一千抗虏军政学堂的学员犹如骨骼一般，编入，不应该说是编入，而是嵌入这五个军中。从伍长到军帅，全部都是学员，另还多出了四百多名学员。朱聿鐭原本要将这四百多名学员留下，交给杨廷麟指挥。一来这些学员不愿意，二来杨廷麟也觉得朱聿鐭应当都带上，可以编作自己的亲兵，如果有军官阵亡，可以随时补充上去。杨廷麟的意思是，穷家富路，多带着人马上路，终究是要安全一些的。听人劝，吃饱饭。朱聿鐭最后接受了杨廷麟的建议。朱聿鐭为了迷惑阿济格和范文程，他下令由马重禧指挥这五个军现在浦口几日，目的是让军官和士兵熟悉，这叫做磨合。大约磨合了五日之后，马重禧率领着五个军先行出发，往北突袭徐州。而他自己则留在南京，每天上街，不是走街串巷，访贫问寡就是去加固城防的工地，视察工程进展，并且鼓励参加工程的百姓，要加快进度，因为他准备将建虏全歼于南京城下。清军在南京也是有细作的，伪明的皇后龙映真已经亲临太平城下，正在攻打太平和朱聿鐭在南京的举动，尤其是在民间鼓励百姓的举动很快就传到了阿济格和范文程的案头。阿济格确信，朱聿鐭准备在南京城下和自己决一死战；范文程觉得事有蹊跷。事有蹊跷必有妖。那朱聿鐭的“妖”又会在哪里呢？范文程还拿捏不准。朱聿鐭要的就是你拿捏不准！在朱聿鐭准备去徐州去的头两天，朱聿鐭宣布，明天由他亲自监斩，将在历次征战中擒获的清廷高官全部斩首示众，以震慑建虏！有哪些高官？第一个就是洪承畴，第二个是张存仁，第三个是小博尔济特氏的弟弟宝塔特。清晨，天刚蒙蒙亮的时候，锣鼓声便将沉睡的南京城唤醒。紫禁城的午门外，街道两旁早已站满了百姓。刑场上，每隔五步站一步兵，不让群众挤近监斩台和台前的一片空场；刑场外圈，在拥拥挤挤的人群背后，每隔十来步站一个骑兵。监斩台的两边和背后，整整齐齐地站立着一层步兵、一层骑兵，步内骑外，肃静无声。所有这些步兵和骑兵，都穿着绵甲，外罩深蓝连裆。连裆的前后心都有一块圆形白布，绣着“明”字。箭上弦，刀出鞘，威风凛凛。不一会儿，只见三两囚车上监着三个被五花大绑的人被送到了刑场上。前面两个是汉人模样，第三个一看便是关外人的样貌。到了刑场边上，三名人犯被押下囚车，他们的松散的头发挽到头顶，背上插上亡命旗，当场验明正身。洪承畴还算比较坦然，仿佛他已经看透了生死；张存仁面色苍白，尽管脸色灰白，却竭力从嘴角露出一丝若有若无的、对死亡和对明人极度蔑视的微笑；宝塔特因为双腿发软，则是被拖上刑场的，到了斩首台上，宝塔特的裤裆已经湿了，并且还传出来一阵阵的恶臭。“杀得好，杀得好啊！”
围观的百姓纷纷议论：“洪承畴个狗汉奸，在咱们南京祸害了多少好人，他也有今天！”
“当初为了讨好这个阿济格，十三四岁的黄花闺女，他是成群成群的，犹如赶牛赶羊一般的送给阿济格，谁敢多说一句话，他就将说话的人灭门，今天终于不得好死了！”
“这陛下还是太善良了，应当将洪承畴千刀万剐才好！”
“应当将他一家都千刀万剐！”
……午时已到，从监斩台的后边向空中发出一声炮响，震得全场一惊，有两三匹战马振奋嘶鸣。炮声刚过，朱聿鐭喝令刀斧手准备行刑。六个刀斧手，押着将洪承畴、张存仁和宝特塔跪好，使他面朝正南，对着百姓跪下。第二声炮响了。站在右边的刀斧手将犯人脖颈后插的亡命旗拔掉，扔到地上，随即走开。除了洪承畴，就是张存仁都已经失去了勉强自持能力，瘫在地上；宝特塔就不用多说了，瘫在地上动也不动一下，仿佛已经死了。刑场上万头攒动，屏息无声。第三次炮声一响，站在犯人左边的刀斧手用左手将犯人的发髻一提，同时喝道：“跪好！”
说时迟，那时快，人们只看见阳光下三道白光一闪，洪承畴、张存仁和宝特塔的头颅齐刷刷的飞落地上，三股鲜血同时迸出三尺以外。从刑场到城头，看斩的百姓们迸发出震天动地的齐声喝彩：“大明皇帝陛下万岁，万岁，万万岁！”
三名刀斧手，分别弯腰，提起洪承畴、张存仁和宝特塔的人头，在斩首台上来回巡梭，向观刑的百姓展示。然后，遵照朱聿鐭的圣旨，将这三颗人头挂在南京正西面的西华门上，即古人所说的“枭首示众”。同时三日内不准给他们三个犯人收尸，这也既是古人所说的“暴尸三日”。所有人都只以为朱聿鐭这是在惩治汉奸和敌酋，殊不知，朱聿鐭这是在祭旗，为自己的这一次远征祭旗！当然，这是一次不能明言的祭旗。