1645年6月14日，清军主帅多铎派人进入扬州，勒令守军投降，被史可法断然拒绝。
6月16日，清军红衣大炮运抵扬州前线，第二日，清军在扬州西北一片高地上架起大炮，炮轰扬州。扬州守军亦予火炮还击，双方展开炮战。 6月18日，清军轰塌扬州西北城墙，清军督降军蜂拥而入，明军随即与之展开激烈巷战。明军总兵刘肇基、副将庄子固、马应魁、姜云龙、前营参将陈光玉、李隆等将领战死，史可法被俘。 因在攻城时，清军损失较大，加之扬州城破后，反抗甚烈，多铎随即下令屠城。大屠杀从城破之日开始，持续十余日，城内尸积如山，血流成河。 王忠毅扒开一具覆盖在身上的尸体，慢慢坐了起来，透过依稀间的星光，看到地上全都是倒伏的尸体。 回头向北望去，只见远处的扬州城到处都是熊熊的火光，几乎将半座城都照得通明。他知道，这是攻入扬州城中的建奴在屠城劫掠。为了逼迫躲藏在建筑废墟里的难民出来，也为了能抓紧时间劫掠财物，建奴会将洗劫过的房屋宅院放一把火，使得扬州城中到处都是火光，几乎与白日无异，同时也更加方便建奴搜寻财物。 王忠毅是在扬州城破的第三日，随着一股难民，同家人一起从扬州郊外一处农庄逃出，准备赶往江边。但还未走出里许，就遇到了数千身着大明服饰的军兵。就在众多难民以为得救时，却遭到这股明军的疯狂砍杀，年轻妇人被强行拉出，余者皆被砍翻在地，身上财物更是被洗劫一空。 被砍翻在地的难民在临死前还未明白，他们所遇到的部队，其实是早几日就已降了清军的原大明官军，这帮畜生摇身变为建奴军队后，变得异常凶残，不分老幼，尽数屠戮。 就在几个降兵举刀劈砍到王忠毅身上时，父亲先是将他踢到在一处洼地中，而母亲在被砍到后顺势扑倒在他身前，接着，他的父亲也倒在他面前，双双将他压在身下。 屠戮者在随意搜捡了尸体后，便匆匆朝扬州城奔去，那里有更多的财富和杀戮在等着他们去分享。可怜王忠毅刚刚满十八岁的年纪，还未谙实事，何曾经历如此血腥，眼睁睁的看着父母亲族一一倒在自己面前，早已被惊吓得不敢发出一言。 昏昏沉沉地在尸体堆里躺了数个时辰，直至夜幕降临，腹中的饥饿方才将他稍稍唤醒。 六月，已是初夏时节，倒毙的尸体已经开始散发出阵阵的腐败臭味，让人直欲干呕。王忠毅走出几步后，突然想起父母的尸体还未收敛。但回头望去，夜色下，到处都是密密麻麻的尸体，竟无法辩明。眼泪瞬间流了出来，嘴里发出嘶哑的轻泣，但突然想到了什么，猛地收住哭咽声，惊恐地四下张望着。 半响，王忠毅咬了咬牙，伸手将脸上抹了一把，稍稍辨明方向，朝着江边踉踉跄跄地走去。 6月22日，整个江北岸边，聚集了不下十余万难民，遥遥望着江心停驻的船只，急切而又恐慌的难民跪倒在江边，祈求船只能将他们能送过大江，以免建奴屠戮。 镇江水师官兵丝毫不为所动，在江面上往返游曳着，并制止任何小船渡过长江。 “郑鸿逵怎么说？”一艘齐国联络船刚刚贴近“扬明号”，牛进明便从船舷一侧探头问道。
“那个郑总兵说了，扬州城破，那就更不能让任何船只和人员过江了，以防建奴伪装明军或者难民夺船，并趁势强渡长江。”联络船的水手大声说道。
“狗屁！”牛进明骂了一句，“若是害怕建奴伪装，大可让登船之人脱光衣物再上来。俺还不信了，你一个光着身子的建奴还能夺了船不成？”
“那要是妇人，也要脱光衣物检查吗？”
一个水手猥琐地问道。
“嘿嘿嘿……”船上的军官和水手听了，不由吃吃地笑了起来。 “滚你娘的！”牛进明笑骂一句，“想什么美事呢？狗日的建奴在屠城，每时每刻都在死人，你狗日的积点口德吧！”
船上众人闻言，顿时敛住了笑容，神色凝重地向北望去，仿佛能看到无数的扬州居民正在被凶残的建奴屠戮和蹂躏，昔日繁华喧嚣的扬州城，变成人世间的一座阿鼻地狱。 “将船只停靠于江北岸边，俺们接人去！”
牛进明说道。
聚集在瓜洲渡的难民正在凄惶之际，突然人群中爆发出一阵欢呼声，茫然无措的难民寻声望去，只见这几天一直在江上徘徊的数十艘大小船只正在缓慢地靠向岸边。 船只来接我们过江了！ 瓜洲渡的难民人群开始蜂拥着朝岸边挤来，试图抢占一个最优的位置，可以早点逃离江北。随着不断有扬州城附近的居民逃来，建奴屠城的血腥和残忍，开始不断地被渲染和相传，早已将难民的恐惧心理激发到了最高临界点。 “都不许挤，一个个来。”船只并未直接靠在码头，而是距离岸边尚有数米远，以防止难民蜂拥冲上船来，“所有男子全部脱去衣物，只留膝裤！任何刀剑不得带在身上！”
十几个水手挥舞着长长的竹竿，使劲地抽打着正在涉水而来，不断攀爬上船的逃难者，而数名来自长山岛乡兵则端着上了刺刀的火枪，紧张地看着船舷处不断露头的难民。 “碰！”
突然一声火枪响起，不仅将正在涌到船边的难民给惊到了，也将船上的水手给吓了一跳。
“他身上带刀了！”那名开枪的乡兵说道，双手端着火枪，仍旧对着那个挨了枪子，但还在不断翻滚的难民，一把短刀落在了一边。
“嗯，做得好！”一名水师军官走了过去并拍了拍他的肩膀，这种情形，是有杀错，没放过。万一有建奴混了进来，可不是小事。
二十余艘大小船只陆续装满难民后，并未驶到南岸，而是就近停靠于瓜洲渡西南侧的一座江心沙洲（今镇江世业洲），卸下难民后，再次返回江北岸边装人。 从扬州逃到江边的溃兵，只要抛弃手中武器，便也可登船离开江北。仅大半日功夫，齐国舰船便运送了一万余人至江中沙洲，但从扬州城左近逃奔而来的难民却是络绎不绝，在江边连绵十余里。 可能是瞧着齐国舰船运送难民往返数次后，均未出现溃兵夺船的事，郑家水师舰船随即也陆续驶到江北岸边，开始转运难民。 然而，令人不齿的事情发生了。郑家船队的军官和水手们，以登船逃命为持，大肆搜刮难民钱财，凡是未能交付五两银子的难民，一律不许上船。那些没有银钱却又逃命心切的难民被郑家水手无情地拒于岸边，至于强行攀爬上船的难民，则被人拖着扔出船舱，随着水流卷入江水之中。 一时间，整个瓜洲渡码头一片混乱。数百名溃逃至江边的军兵，恼怒之下，挥舞着手中的兵刃，欲强行登船，当即砍翻十余个郑家水手。数条小船因为两相争夺砍杀，不受控制的顺着江水，漂向下游。 郑鸿逵大怒，数艘武装商船抵近瓜洲渡，朝着那群溃兵开炮轰击。 溃兵遭到炮击后，四散奔逃，引发聚集的难民人群又是一阵大乱，火炮轰击波及码头数百名无故难民，惊叫，哭喊，咒骂……响彻于天。 也不知道是何人在听到郑家船队炮击后，突然喊了一句“鞑子来了”，立时引起码头数万人的疯狂拥挤踩踏，妇人、老弱纷纷被挤倒在地，随即遭到无数的脚步践踏，靠近江边的难民则被蜂拥而来的人群不断挤下岸堤，如下饺子般不断落入江中。 至傍晚时分，人群逐渐恢复平静，其中被踩踏而亡或者跌落江中之难民达数千人，江北岸边哭声震天。 “这郑家……怎能如此这般？”牛进明愤懑地望着远处陆续驶抵南岸的郑家水师舰船纷纷开始下锚停驻，心中生出几分鄙视，“这狗日的做此等事情，如何敢指望他们去阻那建奴过江？”
6月26日，连续数天的转运，滞留在瓜洲渡的难民仍有六七万之多，据那些从扬州城附近逃难而来的难民描述，建奴大军此时仍在扬州城中肆意屠杀和劫掠，扬州城已变成人间地狱，其间居民恐为建奴已屠戮一空。 而随着时间的推移，建奴大军可能会随时出现在江北岸边。而经过数日的搜刮，大部分稍有资财的难民几乎已被郑家船队尽数运至南岸，至于剩下的难民，大部分几无身外之物，他们似乎就显得没有太多动力，每日只是敷衍地转运数千人。 到了午后时分，一场小雨洒落下来，就在江边难民庆幸，如此下雨天气，想来建奴大军不会赶至此地。 然后，令人绝望的事情却发生了。一队黑压压的队伍从扬州城方向开了过来，随着距离的逐渐接近，一杆大旄上，硕大的一个“李”字，隐隐出现在瓜洲渡无数的难民眼中。 李成栋骑在马上，面无表情地看着江面，数十艘舰船在蒙蒙细雨当中，显得有些模糊而不真切，耳边不时传来手下军兵肆意砍杀难民的狂笑声和濒死者的惨呼声。 一群充满戾气的兽兵，仿佛仍未从刚刚发生的扬州大屠杀快感中恢复神智，对于那些哭求哀告的难民，没有流露出丝毫怜悯之心，挥舞着手中的凶器，狞笑着扑向无助而又可怜的难民。 “轰！轰！轰！……”突然，从江中停驻的战船上射来数发炮弹，狠狠地砸向李成栋部军兵当中，柔软的滩涂，雨后的泥土，使得炮弹的杀伤力不免减弱了几分，炮弹在砸翻数人后，仅滚动了两下，便扎进了泥土当中。 “撤！”
李成栋心里一惊，打马朝后跑去。朝廷居然派了水师炮舰布于江中，看来，自己作为前锋，受多铎之命率先过江，恐怕不是那么容易的事情了。