是的，荷军一下子又增加了30艘船，700余门火炮，这就成了压倒新南安湾中郑家水师的最后一根稻草了----当日下午酉末戌初（17:00）之际，郑家水师开始在两路荷军的夹击下，开始出现了土崩瓦解的迹象。
眼见得己方水师被荷兰人打得崩盘了，在岸上观战的郑芝龙被迫下达了出击纵火船的命令，一千多名被郑家以超高募金招揽的敢死队员在注意到海岸边升起的狼烟后，立刻悍不畏死的驾驶着三百多艘火攻船冲向洋面。
火攻船的出现，果然一定程度的打乱了荷军的作战计划，迫使荷军向海湾中央躲避，这就给了郑家残余舰船死里逃生的一线生机，最终，当新南安湾之战结束时，郑家在船只方面一共损失了19艘米艇（被俘3艘）、11艘大赶缯船（被俘2艘）、1艘中赶缯船和全部300余艘火攻船，在人员方面一共损失了2000多名海陆官兵（被俘600余人），而荷军这边却只沉没、损毁了5艘武装商船及不到700名官兵。
因此，新南安湾之战，郑家可谓大败特败，幸好战斗结束时，天色已经昏暗，所以荷军就没有针对海湾内残余的郑家炮台实施进一步的打击；但第二天一早，荷军便一面针对新南安湾及新南安港的海防炮台进行了毁灭性打击，一面派出运输船将柔佛及龙牙门岛上的陆师运来，针对坦宾岛实施了登陆。
由于中国城市一般不会直接沿海设置，所以原本郑芝龙还以为自家的新南安城或可以在荷军的舰炮下躲过一劫，却没成想，荷军直接派来6000兵马登陆，这一下，郑芝龙避无可避了，于是，郑芝龙便派人冒险于明弘光十二年、西历1656年九月三十日的白天从坦宾岛游至8.5公里外、尚未被荷军攻击的巴淡岛，向巴淡岛守军传达了他的最后决定。
当晚，巴淡岛保有的十六桨船借着夜色悄然出航，然后一路沿着苏门答腊东北海岸线悄然行驶至indragiri河河口，于当年十月二日深夜，将郑芝龙的最后决定通报了已经转移至此的郑家主力舰队。
接到郑芝龙命令后，指挥郑家主力舰队的郑芝豹毫不犹豫，立刻命令所部连夜起航，航向新南安湾，准备于荷军舰队进行最后的决战；而在己方舰队出航之前，郑芝豹还派快艇去联络了据说驻扎在新邾港的明军软帆舰队，不过由于indragiri河河口距离新邾港660公里，因此，该艘快艇并未能抢在第二次新南安湾海战爆发前，及时联系上了明军软帆船队。
从indragiri河河口到新南安港距离大约100海里，鉴于郑家主力舰队中存在着广东米艇、同安船这等戎克船，所以，差不多需要2天才能抵达新南安湾；而就在郑家主力舰队接到命令并赶往新南安湾的期间，柔佛、龙牙门、新南安城等地的陆战已经相继进入高氵朝阶段了。
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柔佛方向：荷军的攻城炮火已经轰垮了多处城墙，荷军随即针对城墙倒塌地段发起了近十次的进攻，但郑家守城部队在郑芝虎的指挥下却死战不退，双方进行了极其残酷的肉搏战，各自出现了1000多人的伤亡；然而围城的荷军总兵力在调动后还有6000人，郑家守城兵力仅有1600余人，因此各自伤亡了1000人后，荷军还有余力，但郑芝虎却已经是到了山穷水尽的地步了······
龙牙门方向：登陆岛屿的荷军主力于九月三十日下午出现在了龙牙门城下，并于同日夺取了郑家一把火烧掉的龙牙门港区和龙牙门城外商业区、仓库区；然后，这些荷军又马不停蹄在龙牙门城下布设围城壕沟及攻城炮发射阵地；龙牙门城守将施琅----原本守备龙牙门的应该是郑森，但这不是朱由崧过五十圣寿嘛，作为安庆公主驸马的郑森就陪着妻儿上南京给朱由崧贺寿来了，目前一家人都不在南安藩----比较冲动，便主动率兵出城阻击荷军挖掘封锁壕的行动，双方便围绕着封锁壕展开了一系列的战斗，荷军损失不小，但施琅这边损失更大，以至于打了两三天后，就无以为继，只能龟缩在不大的龙牙门城内等待命运的最后判决了······
新南安城方向：荷军于当年十月一日晚才完成了最终的登陆，十月二日开始，6000军包围了新南安城，并于十月三日深夜，初步完成了包围新南安城的第一道封锁壕沟，随即，荷军将部分运输船上的火炮卸下来运至前线----荷军要同时攻击三座城池，因此携带的攻城炮不敷分配，就只能用部分舰炮代替攻城炮使用----并以这些火炮对新南安城进行了猛烈的炮击，给守城郑家带来了极大的恐怖。
按下柔佛、龙牙门、新南安城的守军如何在荷军陆师的攻击下咬牙坚持不说，十月四日清晨，借着淡淡的海上薄雾，郑芝豹率领着作为郑家水师精华的主力舰队自新南安湾南口冲入了海湾之中。
荷军警戒船只几乎是第一时间发现了郑家主力舰队，并及时向海湾内停泊的荷军武装商船队进行通报，因此，当郑芝豹部冲向新南安港的时候，很快遭到了荷军舰队的阻击。
是役，荷军一共投入49艘22~28炮武装商船、50艘8~12炮的运输船、1艘实际没有参战的双桅信报船，而郑家这边以12艘40~44炮软帆船、28艘36炮大鸟船、39艘12炮同安船迎战，大体是荷军1100炮对郑军1980门炮，郑家主力舰队占据了绝对优势，但由于海湾内区域相对狭小，这么多船实际很难展开战列线，就只能捉对厮杀，因此，郑家一开始并没有能发挥炮多优势，反而被数量较多的对手给缠住了。
好在，部分凑数的荷军运输船实在不能打----特别是其中的非欧洲船型不但船上装炮少，而且船只结构相对简陋、船壳的防护力也颇为不足----所以，除了少数荷军运输船成功与还不习惯长程炮战、更喜欢跳帮作战的郑家舰船展开接舷战外，大部分的荷军运输船实际没有在战斗中坚持多久，就要么被击沉击毁，要么就仓皇逃跑了。
等到荷军运输船在海面上消失大半后，新南安湾的战局便豁然开朗起来······