2050年，神秘的世界树降临蓝星，打断了人类征服星空的进程。智慧的蜂巢、咆哮的元素巨兽、变异的深海族群……世界树催生了物种的超进化，带来了一系列生态灾难。所幸，人类亦觉醒了名为“命格”的力量。一个守护的故事，一个救世主想要毁灭世界我却想要做英雄的故事。

叶幽，一个平平无奇的穿越者。既没有系统随身，也没有发现新属性，更别说开局神兽。只不过，有个姑奶奶叫菊子，老妈出身佐佐木家族，老爸最不成器，也就是个普普通通的联盟高层。拥有这样的家族，又有前世神奇宝贝的记忆，就顺理成章地跟上小智的道路，一路旅行，一路挑战道馆，征服联盟，冲击冠军大师？不，叶幽表示，作为一个学生，学习才是最重要的。从神奇宝贝学校开始，联盟大会，冠军联盟，世界锦标……