第三日，张居正便亲自到乾清宫来请。李太后自然督促小皇帝恢复上课，这一日是申时行进讲《礼记》，讲完后张居正照例会和小皇帝去后殿私下里小议一会，申时行犹豫了一下，没有退出去，在外面等候。小皇帝显然还沉浸在刺杀事件的余悸中，这一日与张居正聊的时候比往常更久，等张居正出来时，见申时行还在外面，不由稍诧异，微笑称呼他表字：“汝默在等我？”
申时行略尴尬地行了一礼道：“是有些事想私下跟阁部说一说。”
张居正笑道：“你也是我殿试荐过卷的，这么称呼岂不是太生疏？”
申时行脸上微红，但还是小声道：“学生无礼，老师海涵。”
张居正当日虽然荐过申时行的卷子，但因为那一期的会试主考官是高拱，所以这师生名份此前便没有人当一回事。张居正就任首辅以后，申时行虽然常在文华阁与张居正打照面，也没有像刘台那般刻意借了这点缘份攀结关系，张居正待申时行也只是平常。今日他刻意过来打招呼，张居正倒提起了几分兴致，将他请到了文渊阁值房中。两处殿宇离得虽然不远，但来往人物亦是不少，一时也传了许多谣言出来。申时行坐在张居正值房内坐下后，略为局促不安，闲话了几句以后方道：“学生有个同年叫刘台的，在工部做主事，不知老师是否知道？”
张居正略为讶异，微微含笑：“我知道，他……有些想法倒也蛮有意思。”
申时行鼓起勇气道：“他其实是个有才之人，我在未中榜之前便与他常一处做文章，他会试高中，殿试却取得甚低，对他打击很大，所以……在工部表现不好。学生斗胆，学生斗胆……请老师多给他一个机会……”